Las líneas de investigación del programa de Doctorado en Derechos Humanos se estructuran a partir de la evolución de las generaciones de los derechos humanos, y se refieren a:

1. Derechos civiles y políticos. Estos derechos humanos privilegian la dignidad, entendida ésta como la dimensión axiológica de nuestra condición humana, es decir, consiste en el respeto a todas las personas a ser consideradas libres e iguales. Incorpora el principio de no discriminación. Como también los derechos a la libertad y seguridad jurídica.

2. Derechos económicos, sociales y culturales. Hacen referencia al disfrute de vivienda, educación, salud, trabajo, alimentación, entre otros. Todos ellos forman parte de los derechos indispensables para el desarrollo de una vida con dignidad, tales como la soberanía y seguridad alimentaria, así como el respeto a la diversidad cultural.

3. Derechos de Solidaridad, Colectivos y Difusos. Estos derechos tienen como objetivo cuidar y respetar el medio ambiente como parte del desarrollo sustentable, la convivencia pacífica entre los pueblos, y los derechos que tienen las personas y sociedades para que los avances de la ciencia y la tecnología se apliquen en provecho del desarrollo humano y su entorno.

Las líneas de investigación tendrán como ejes transversales: el respeto a la identidad y diversidad cultural de los pueblos, la equidad de género, la cultura de paz y respeto al ambiente.

Cada Línea de Generación y Aplicación del Conocimiento estará bajo la coordinación de tres profesores, integrantes del núcleo académico básico.